El asunto de la independencia y de la imparcialidad de este organismo depende del tipo de auditoría (interna o externa).
«Los
organismos auditores no deben sufrir presiones comerciales, financieras, jerárquicas, políticas o de otro tipo, que puedan influenciar sus conclusiones o el resultado del proceso de auditoría. El sistema de auditoría, el
organismo auditor y los auditores deben ser independientes de la actividad auditada y no encontrarse en situación de parcialidad o de conflicto de intereses. Los auditores no deben auditar ámbitos o actividades sobre los que tengan responsabilidad directa».
(Diario Oficial de la Unión Europea,
Directrices para los sistemas de auditoría de las autoridades competentes, 2006, consultado el 04-02-2011)